El Instituto promueve el desarrollo de investigaciones que permitan comprender y analizar las causas, los efectos y las consecuencias de los problemas nacionales e internacionales en materia de ciencias jurídico-penales. Actualmente, las líneas de investigación del INEPPA se centran en los siguientes ejes temáticos:

• Derecho penal
• Derecho procesal penal
• Derechos humanos
• Política criminal

Con el propósito de difundir los resultados de las investigaciones, el Instituto organiza conferencias, seminarios, debates, cátedras y mesas de diálogo.